MBR運行中跨膜壓差的上升很大程度上是由于溶解在原水中未處理有機物被吸附到膜表面引起的，這需要對膜頻繁的清洗，從而影響正常的產水和膜絲的壽命。在膜生物反應器使用過程中，膜對大顆粒污染物有一定的截留的作用，但是為了對膜形成有效的保護，中空纖維膜應主要起到分離水和污泥的作用，而不是對污染物直接截留。和傳統活性污泥法一樣，進水中的污染物通過活性菌的吸附，分解完成，膜組件主要起到代替二沉池的作用。在處理水質比較復雜，污染物濃度高或活性菌難以降解的廢水時必須對進水進行有效的生物降解，如水解酸化，厭氧等處理，確保膜組件在使用過程中只起到泥水分離作用。通常事先應進行小型運轉試驗進行確認。